お話に出てくる念書が、遺産のうち不動産の共有持分をお子様に相続させる旨の遺言（特定財産承継遺言）の趣旨だと解釈できたとしても、遺言者であるご主人は、いつでも自由に遺言を撤回することができます（民法1022条）。また、そのような遺言をした上で、遺言と抵触する不動産持分を処分した場合も、遺言は撤回されたものとみなされます（民法1023条2項）。したがって、お考えの念書の作成は、ご主人が作成に同意したとしても、不動産の所有権問題の抜本的な解決にはなりません。
他方、ご懸念のとおり、離婚後も共有の状態を続けた場合、ご主人が共有持分を第三者に処分してしまうリスクや、相続が発生したときの相続関係が複雑化するリスク等がついて回ることになります。また、仮に、今後、ご相談者様が売却をしたいと考えた際も、ご主人が協力しないと、不動産全体での売却が困難となる恐れもあります。
以上を踏まえると、離婚に当たっては、同時に、不動産の共有関係を解消する形で処理するのが望ましいと言えます。
共有関係の解消ですが、現物での分割は困難ですので、(1)一方が他方の持分を取得するか、(2)共同で売却して代金を分配するか、のいずれかになりますが、ご相談者様として引き続き居住を望むということであれば、(1)の方法での解決を目指すべきかと思います。取得方法としては、売買の他、離婚に伴う財産分与として譲渡を受けることが考えられます（本件の場合は、離婚原因がご主人の不貞行為にあるとのことであれば、慰謝料的財産分与の性格を帯びることになります）。
但し、ローン完済前の名義変更がローン会社との契約違反にならないか等、ローン会社への確認・協議が必要となる部分がありますので、ご注意ください。